Czas erygowania katolickiej parafii w Bogatyni jest nam obecnie nieznany. Po raz pierwszy wzmianka o jej istnieniu pojawiła się dopiero w r. 1359. Z rachunków kościelnych z roku 1515 wynika, ze w skład parafii wchodziły dwie wsie: Markocice i Jasna Góra.

Do roku 1086 ziemia bogatyńska podlegała jurysdykcji biskupa z Misni. Z woli cesarza Henryka IV zwierzchnictwo nad nią przejął biskup praski. W XIV w. arcybiskupstwo praskie podzielone było na 10 archidiakonatów, w skład których wchodziły archiprezbiteraty. Parafia bogatyńska należała do dekanatu Zytawa, a ten był częścią składowa archidiakonatu w Starych Boleslawicach. Urząd archiprezbitera dekanatu Zytawa bywał z reguły powierzany proboszczom diecezjalnym z okolicznych parafii, gdyż urząd proboszcza w Zytawie sprawowali Joannici. Z tego powodu aż do reformacji obsadzany był przez zakonnego duchownego. W latach 1401-1406 urzad dziekana (archiprezbitera) pełnił bogatyński pleban Henryk.   

W księdze "Decimae Ecclesiastice Anno Domini            1384",   znajdującej się w arcybiskupiej bibliotece w Pradze, zostały wymienione parafie dekanatu Zytawa w ich starym brzmieniu wraz z wykazem ilości groszy przesłanych do Pragi. Poniżej przedstawiamy spis parafii i wykaz należności:

Z powyzszych rachunków wynika, ze bogatynska parafia nalezala do niewielu najlepiej uposazonych w dekanacie.

Prawo patronatu nad kościołem posiadał do r. 1390 Anselm von Ronow, do r. 1406 Stephanus von Donys z Hirschfelde, do 1420 r. Wenzel von Donyn z Hornitz, w latach 1420-1467 otrzymali je Fryderyk i Henryk von Kyaw z Hischfelde. Od 1467 r. do 1 stycznia 1916 r. prawo patronatu przysługiwało klasztorowi z Marienthal.